Это можно указать с помощью аннотации org.hibernate.annotations.Table, которая используется в дополнение к аннотации javax.persistence.Table:
@Entity
@javax.persistence.Table(name="Ranking")
@org.hibernate.annotations.Table(
appliesTo="Ranking",
indexes = { @Index(name="ranking_ix", columnNames = { "rankable", "criteria", "rank" } ) }
)
public class Ranking extends Model {
@ManyToOne
public Rankable rankable;
@ManyToOne
public Criteria criteria;
@Index(name = "ranking_ix")
public double rank;
}