Поработав несколько часов, думаю, у меня есть ответ. Поскольку это мой собственный вопрос, я думаю, я сделаю это вики-сообществом ...
Я создал ветку всего хранилища и указал файлы типа «Конфиг» на новую ветвь, затем зарегистрировал их.
Я не уверен, как это сработает, но это заставило вещи "Проверить все в" работать правильно. Я думаю, что если я изменю один из этих файлов, он будет работать нормально, проверив его в своем локальном хранилище.
Единственное, что может раздражать, это то, что если кто-то еще поменяет файл, который я разветвил, я не уверен, как я определю тот факт, что я должен слить.