Я бы порекомендовал iText, потому что он дает вам функциональность записи Graphics2D на холст PDF, что означает, что вы можете легко вставлять изображения и тому подобное в вашу форму.
Небольшая проблема с библиотекой заключается в том, что лучшие примеры, я полагаю, находятся в книге "iText in action" Бруно Лоуаги (ISBN: 1932394796), которая стоит около 50 долларов США.
У iText может быть довольно крутая кривая обучения, но для форм и тому подобного это должно быть довольно легко. Другое преимущество состоит в том, что его можно использовать в сочетании, например, с JFreeChart.
Если вы хотите заполнить только сгенерированные PDF-формы, лучше использовать iText, поскольку у него есть несколько отличных абстракций для выполнения именно этого.