Новейшие JVM (IBM Technology for Java) - самые быстрые из доступных. Типичная проблема заключается в том, что если собственные jar-файлы JVM кэшируются в памяти, то загрузка происходит достаточно быстро, а если нет, их необходимо загружать с диска по мере необходимости, что довольно медленно. (На самом деле это процесс ускорения в Windows).
Вы могли бы рассмотреть возможность создания небольшого сценария, который просто читает все файлы jar для JVM каждые X секунд, или для реализации «связи с демоном JVM через очереди данных», что является традиционным подходом для этого.