Нам не удалось исправить нашу проблему в ее первоначальном виде. Что мы сделали, так это удалили ISAPI_REDIRECT / JBoss из нашего исходного конвейера.
Теперь мы отправляем запрос непосредственно в наш http-модуль, настраивая другой виртуальный каталог, где ISAPI_Redirect не настроен, мы делаем нашу модификацию (ранее мы собирались сделать это после того, как JBoss получил запрос), а затем отправляем его в другой виртуальный каталог (URL), где настроен ISAPI_REDIRECT. Теперь ISAPI_Redirect перехватывает запрос, отображает его в формат JBoss и отправляет его в JBoss.
По сути, мы сменили место обработки наших клиентов, и, похоже, все стало на свои места.