Как вы можете прочитать здесь , EntLib 5 действительно поддерживает .Net 3.5 SP1. Как вы сказали, Prism v4 нацелен на .Net 4.0 (и активно использует некоторые его функции), так что эта версия, вероятно, не подходит.
Я бы просто включил необходимые сборки EntLib 5.0 в Prism (я не думаю, что есть много зависимостей, кроме Unity) и собрал код Prism. Тогда вы можете просто использовать Prism 2.2 с EntLib 5.
Надеюсь, это поможет.
Спасибо,
Damian