Я сейчас использую новую функцию --reintegrate в Subversion 1.5, и я думаю, что это потрясающе. Это намного проще и намного менее подвержено ошибкам, чем ручной способ. Недостатком является, однако, то, что для новых функций слияния требуется, чтобы и хранилище, и клиент были на 1.5, а изменения в хранилище 1.5 не позволяют использовать его любым клиентам, кроме 1.5 ... так что, чтобы получить функцию слияния, это в основном сценарий "все или ничего".
Что касается ваших первоначальных вопросов, вам просто нужно очень тщательно отслеживать, какие основные ревизии ветки вы слили с вашей рабочей веткой во время разработки. Однако, даже с функцией --reintegrate 1.5, все равно важно убедиться, что реинтегрированная рабочая копия основной ветки выглядит корректно и компилируется перед фиксацией. Это просто существенно облегчает жизнь (особенно для веток с более долгим сроком действия), потому что вам не нужно вести строгий журнал о том, что вы изменили, и когда вы интегрировали изменения из других ветвей в свою ветку функций.
Документация к примечаниям к выпуску на subversion.tigris.org написана очень хорошо, и я рекомендую кратко ее просмотреть, чтобы увидеть все изменения между 1.4 и 1.5 и хорошее описание новых возможностей слияния.