Мое первое предположение заключается в том, что ваша база данных не поддерживает собственные идентификаторы. Вы должны указать генератор, отличный от "native" (который используется по умолчанию) в вашем файле отображения для ваших первичных ключей.
Попробуйте "increment", это говорит Hibernate обрабатывать генерацию идентификатора, а не полагаться на базу данных Имейте в виду, однако, что он не будет работать на кластерах:
<id name="...">
<column name="..." />
<generator class="increment" />
</id>