Как я могу читать с общего диска Windows с использованием Java таким образом, чтобы код Java, который выполняет чтение, мог одинаково корректно работать на любой платформе?
Вы можете использовать JCIFS для доступа к общим ресурсам SMB / CIFS с использованием чистого кода Java.
apache commons vfs всегда хороший выбор.