Я предполагаю, что вы используете "стандартный" инструмент JPA (JPT), поскольку вы не указываете иное.
Сначала вам нужно определить соединение (в Exlporer источника данных).Вы сможете развернуть и увидеть фактические таблицы, с которыми вам нужно работать:
Вы выбираете схему на странице «JPA Facet» при создании проекта JPAили активируйте фасет JPA: есть флажок «Переопределить схему по умолчанию из соединения» и поле со списком, в котором вы выбираете «Схему»:
Вы можете дажевыберите схему при запросе на создание сущностей (щелкните правой кнопкой мыши по проекту, JPA Tools> Создать сущности из таблиц ...), и вы получите следующее диалоговое окно: 
Счастливое сопоставление!