Base64 преобразует поток байтов в печатные символы. Нет ничего, что могло бы пойти не так.
«Little-endian» описывает один из двух способов, которыми число может быть преобразовано в последовательность байтов: little-endian = сначала младший байт. Big-endian = самый старший байт первым. UTF-8 - это строковое кодирование в поток байтов, и существует концепция порядка байтов, которая должна быть применена.
UTF16, однако, кодирует текст в 16-битные слова, и есть два способа кодировать слова в байты, и UTF16 поставляется в двух вариантах: UTF16LE (младший порядок) и UTF16BE (старший порядок). Та же самая концепция порядка байтов применяется и к UTF32, но это не обычный формат.
Если под little-endian вы имеете в виду UTF16LE, то вам нужно решить, в какой формат вы хотите перекодировать строку (вероятно, UTF-8).
Вы можете использовать эту функцию: mb_convert_encoding($input, 'UTF-8', 'UTF-16LE')
[1] [2]
Если под байтовым порядком вы подразумеваете числа, то вам нужно указать порядковый номер, в какой бы точке вы не конвертировали байты в числа.
[1] http://cz.php.net/manual/en/function.mb-convert-encoding.php
[2] http://cz.php.net/manual/en/mbstring.supported-encodings.php