Номер версии приложения устанавливается в файле AssemblyInfo (вы можете переместить его, но это местоположение по умолчанию). Этот номер, однако, не используется в CAB-файле. CAB-файл, содержащий приложение, сам по себе не имеет версий.
EDIT
Чтобы проверить номер версии, используйте что-то вроде этого:
var version = Assembly.GetExecutingAssembly().GetName().Version;