Команды работают из скрипта Shell, а не из командной строки?

Question

Я быстро искал это перед публикацией, но не смог найти аналогичных сообщений.Дайте мне знать, если они существуют.

---

Выполняемые команды кажутся очень простыми.В качестве входных данных для функции используется список каталогов.

Каталог содержит набор файлов с именем "epi1_mcf_0 ###. Nii.gz"

Версия для командной строки (bash работаеткогда это выполнено):

fslmerge -t output_file `ls epi1_mcf_0*.nii.gz`

Версия сценария оболочки:

#!/bin/bash
fslmerge -t output_file `ls epi1_mcf_0*.nii.gz`

Версия командной строки завершается неудачно, но сценарий оболочки один работает отлично.

Сообщение об ошибке относится только к этой функции, но оно все равно включено.

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for 'epi1_mcf_0000.nii.gz'
** ERROR: nifti_image_open(epi1_mcf_0000.nii.gz): bad header info
Error: failed to open file epi1_mcf_0000.nii.gz
Cannot open volume epi1_mcf_0000.nii.gz for reading!

Я был очень разочарован этой проблемой (в меньшей степени после того, как я выяснил, что есть способ заставить команду работать).

Буду признателен за любую помощь.

(Или существует общее мнение, что проблему следует искать в функции "fslmerge"?)

Answer 1

`ls epi1_mcf_0*.nii.gz` лучше записать как epi1_mcf_0*.nii.gz. Как в:

fslmerge -t output_file epi1_mcf_0*.nii.gz

`ls` ничего не добавляет.

^{Примечание. Опубликовано как ответ, а не как комментарий. Парсер комментариев Markdown-lite задохнулся от моей `` `ls epi1_mcf_0*.nii.gz` `` разметки.}

Answer 2

(я упомянул об этом в комментарии первым, но я сделаю ответ, так как это помогло!)

У вас есть определенные псевдонимы оболочки? (Введите alias). Они будут влиять на команды, введенные в командной строке, но не на сценарии.

В Linux часто ls определяется как ls --color. Это может повлиять на вывод, так как цветовые коды отправляются как escape-коды через обычный поток вывода. Если вы используете ls --color=auto, он автоматически определит, является ли его выход терминалом или нет. От man ls:

По умолчанию цвет не используется для различения типов файлов. То есть эквивалентно использованию --color=none. Использование опции --color без необязательный аргумент WHEN эквивалентен использованию --color=always. С --color=auto, цветовые коды выводятся, только если стандартный вывод подключен к терминалу (tty).