Я сомневаюсь, что это как-то связано с LDAP или размером вашего пула.Пермский генерал, скорее всего, наполняется.Я бы включил visualvm и посмотрел, что происходит с памятью, когда ваше приложение запускается, чтобы увидеть, так ли это.
Я бы также проверил журналы Tomcat, чтобы узнать, было ли больше, лучше информации, чем этот стекслед.