AES обладает более высокой конструктивной прочностью, чем Blowfish, в частности он использует 128-битные блоки, в отличие от 64-битных блоков Blowfish.Это также намного новее - у него есть преимущество, заключающееся в том, что он включает в себя еще несколько лет достижений в области криптографии.
Вам может быть интересно узнать, что разработчики Blowfish разработали улучшенный алгоритм под названием Twofish, которыйбыл участником (и финалистом) в конкурсе AES.