звучит так, как будто вы говорите, что у меня есть два набора данных xml с одинаковыми корневыми узлами, но больше ничего (потенциально) общего?
поэтому, если вы хотите, чтобы система сравнивала различия между ними, я бы посмотрел на то, что доступно с точки зрения .net и с открытым исходным кодом. об этом думали раньше.
слияние - очень сложная вещь. если обе стороны имеют разные значения, как вы решаете, с кем «объединяться»? это не так просто, как вы думаете.
нижняя строка. вам нужно объяснить свой точный сценарий более подробно, чтобы получить реальный ответ, но в отсутствие этого, я бы посоветовал вам определить, что именно вы хотите сделать ... объединить с вмешательством пользователя / без / иногда / в более ясную проблему описание, и вы получите лучшие результаты.