Короткий ответ - нет. Идея заключается в том, что вы точно знаете, что определенный коммит подмодуля будет работать с вашим проектом, и вы не хотите, чтобы какое-либо неопределенное или неожиданное поведение появлялось при получении оперативных обновлений. Подмодуль непосредственно представлен двумя вещами: записью в .gitmodules и gitlink, которая является ссылкой на SHA1 желаемой фиксации подмодуля. SHA1, а не refname.
То, что вы спрашиваете, действительно для суперпроекта, чтобы не представлял что находится в подмодуле. Подумайте об этом: разные клоны вашего проекта могли обновлять подмодуль в разное время, и в результате в нем появлялись разные его версии, а затем, если в вашем проекте были сделаны коммиты, им пришлось бы записывать разные коммиты в подмодуле. Когда вы объединитесь, вам придется просто игнорировать то, что они оба говорят, и снова тянуть, вероятно. В результате ваш запрос избегает самой идеи субмодулей: узнать, что у вас есть. Если вы говорите, что используете «мастер», вы вернетесь через два месяца и понятия не имеете, что это значит!
Если вы хотите всегда получать текущую ветку master, вам лучше сделать это самостоятельно. Напишите скрипт для извлечения всех подмодулей и запускайте его время от времени, фиксируя обновленные версии. (Сначала проверьте!) Суть в том, что с субмодулями для каждого коммита суперпроекта вы должны точно знать, какую версию подпроекта вы используете. Вы сами выбираете, как часто вы хотите обновить версию субмодуля; это может быть ежедневно, если хотите.
Альтернативой может быть добавление каталога (ов) для подмодуля (ов) к вашему gitignore и создание небольшого быстрого скрипта для их обновления (и, вероятно, одного для клонирования их тоже). Это стоило бы вам возможности узнать, какая версия у вас была в какой-то момент в прошлом.