Я собираюсь пойти против зерна здесь.Сейчас я создал 2 больших приложения с EF, одно с одним edmx и одно с несколькими.Есть плюсы и минусы, но в целом я нашел жизнь намного проще с одним edmx.Причина в том, что в приложении практически никогда не бывает реального разделения доменов, даже если это происходит с самого начала.Появляются новые требования, в которых вас просят связать сущности с различными edmx, после чего вам нужно проводить рефакторинг и постоянно перемещать вещи.
Все аргументы для деления скоро устареют, когда EF 5 вводит Multiple Diagram s, что является единственным реальным преимуществом для разделения файлов EDMX в первую очередь.Вы не хотите видеть все, над чем вы не работаете, и вам не нужно влияние на производительность.
В моем приложении с разделенными edmx'ами у нас теперь есть несколько дублирующих сущностей, чтобы получить преимущество от свойств навигации.Может быть, ваше приложение имеет разделение доменов, но обычно все подключается к пользователю.Я подумываю о слиянии двух сейчас, но это будет много работы.Поэтому я бы сказал, держите их вместе, пока это не станет проблемой.