В каталоге html-шаблонов. Создайте новый файл шаблона с именем примерно так:
${application}${build_suffix}.template.cfm
В следующий раз, когда вы создадите свой проект, вы получите файл с расширением .cfm, который совпадает с именем вашего приложения. Вы можете использовать любое расширение по вашему выбору. Мой источник
Если вы создадите свой собственный файл в каталоге шаблонов html (скажем, index.cfm), я почти уверен, что файл будет скопирован в ваш каталог сборки, но не изменен.
Имейте в виду, что все ваши изменения будут перезаписаны, если вы измените Flex SDK в проекте. Поддержите их где-нибудь.