«Лучший» способ сделать это зависит от того, как вы запускаете ваше приложение (mod_python, cgi или wsgi).С WSGI лучшим способом было бы иметь отдельное virtualenv для каждого сайта, на котором вы устанавливаете вещи только для этого сайта.Таким образом, у вас могут быть установлены разные версии одной и той же библиотеки, что также является большим плюсом для разработки, но тем более для веб-сайтов, где вы можете захотеть сохранить один веб-сайт в более старой версии библиотеки, а другой - в более новой версии.
Несколько ссылок для начала:
WSGI + virtualenv , virtualenv
Любой вопрос, который вы можете добавить в качестве комментария.