Вы создаете элемент <input> динамически? Stackoverflow может уже иметь ответ.
Обновление
При работе с Windows XP SP3 с IE6 я не смог продублировать описанную вами проблему в следующем файле:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function body_load() {
document.getElementById("field2").focus(); }
</script>
</head>
<body onload="body_load();">
<input type="text" id="field1"/>
<input type="text" id="field2"/>
</body>
</html>
Он всегда фокусируется на field2, как и ожидалось.Следующий файл тоже работает как положено:
<html>
<body>
<input type="text" id="field1"/>
<input type="text" id="field2"/>
<script type="text/javascript">
document.getElementById("field2").focus();
</script>
</body>
</html>
Используете ли вы application/javascript в качестве type для <script>?Я знаю, что IE6 имеет проблемы с этим.Возможно, публикация примера, который может дублировать проблему, поможет определить, почему она не работает.