Есть две проблемы. Первый касается частных API - если вы используете их, вы не попадете в магазин, все просто. Я никогда не слышал, чтобы джейлбрейкеры требовали их использования.
Тогда есть распределение. Как и выше, вы не заходите в магазин, поэтому вам нужен другой способ загрузки приложений на устройства. Если они вам просто нужны на устройствах в вашем распоряжении, а у вас меньше 100, любой разработчик может сделать это без джейлбрейка. Но если вы хотите отправлять приложения кому-то удаленно, тогда им потребуется взломанное устройство.