Это можно сделать с помощью проверки подлинности NTLM, но привязка к учетным данным Windows является характерным для Internet Explorer поведением, а NTLM не очень хорошо поддерживается во всех браузерах. Я бы порекомендовал вам использовать аутентификацию ldap через ssl для вашей AD, и вместо этого вывести всплывающее окно обычной базовой аутентификации.
Затем вы используете PHP для привязки к LDAP, используя предоставленные учетные данные, чтобы определить, действительны они или нет.