Спросите себя - зачем вам инструменты Ms, если у вас уже есть рабочий набор с NUnit.
Лично я работал с обоими, и если бы я не работал в старом, где широко использовался инструмент MS, я бы выбрал NUnit для этого набора инструментов из-за большей поддержки сообщества, которую я получаю в случае проблем.