SQL Server игнорирует конечные пробелы при сравнении строк, поэтому '' = ''.Просто используйте следующий запрос для вашего обновления
UPDATE table
SET col1 = NULL
WHERE col1 = ''
Значения NULL в вашей таблице останутся NULL, а столбцы с любым числом, содержащим только пробелы, будут заменены на NULL.чтобы сделать это во время копирования из одной таблицы в другую, используйте это:
INSERT INTO newtable ( col1, othercolumn )
SELECT
NULLIF(col1, ''),
othercolumn
FROM table