Я думаю, что путь здесь - с AJAX. Создайте какую-нибудь систему опроса, которая каждые 5 минут будет опрашивать новые «сообщения» на сервере. Ваш C # тогда проверит, есть ли новые сообщения, вернет их в AJAX, и некоторые jQuery могут отобразить окно или модал, чтобы предупредить пользователя о том, что скоро произойдет.
При обновлении страницы или переходе на новую страницу этот ajax также может запускаться, не дожидаясь окончания таймера.