Я экспериментировал и думаю, что нашел способ:
1) Черепаха-перемещение файла с помощью контекстного меню, перетаскивания правой кнопкой мыши (или любым другим способом SVN).
2) Используйте файловую систему Windows, чтобы переместить ее обратно.
3) Перетащите файл в Eclipse, чтобы обновить все ссылки.
4) Фиксация - она отображается как удаление / добавление, но сохраняет историю и изменяет ссылки на пакеты в одном коммите (сохраняя возможность сборки каждого коммита).
Старый вопрос, но я продолжаю к нему возвращаться, так что это моя документация!