Что странно - я занимался разработкой для iPhone / XCode некоторое время, сейчас, и никогда не видел ничего подобного.
Вы абсолютно уверены, что вы не ковыряетесь в каком-то месте, которое вызывает изменения?
Возможно, у вас поврежденный XCode или .xcodeproj? Если это не произойдет, я попробую пересоздать свой проект и, если это не поможет, переустановить XCode.
Очень странно, действительно ...!