Поместите <property name="show_sql">true</property>
в ваш конфигурационный файл, чтобы он выводил SQL на консоль.
Вы также можете поставить <property name="format_sql">true</property>
, если хотите, PrettyPrinted.
В качестве альтернативы, вы можетенастройте log4net (logger - «NHibernate.SQL», IIRC) и отправьте его куда угодно.