Мне не ясно, какие элементы клонируются. Возможно, вы можете уточнить это.
Однако, если вы можете назначить «класс» любым элементам, которые разделяют функциональность (например, предполагается, что они скрыты одновременно), вы можете скрыть все те элементы, которые имеют этот класс. Возможно, опция выбора имеет class = "product_cat_1", и есть 3 div, которые также имеют class = "product_cat_1" .. тогда вы можете использовать jquery, чтобы скрыть все div с class = "product_cat_1"
EDIT:
Один трюк, который я использовал в вашей ситуации, - это обернуть каждый блок клонированных элементов в контейнерный элемент с уникальным идентификатором:
<div id="new_item_1">
<select class="productcat1" name="productcat1[]">...</select>
</div>
Затем с помощью jQuery, когда вы клонируете поля, вы можете добавить весь свой javascript относительно этого родительского контейнера:
$('#new_item_1 .productcat1').select(...);