Если вы строго хотите использовать .prepend (), вам поможет следующее:
// this gives you a list with all matching elements
var elementsList = $("li");
// this refers to an element at required index and wraps it into a jQuery object
var elementAtIndex = $(elementsList[your index]);
// and finally apply change
elementAtIndex.prepend("<li id=\"4\"></li>");
OR
То же самое, используя .eq (), который будет более элегантным после того, как вы поймете основную идею. .eq позволяет ссылаться на определенный индекс.
var elementAtIndex= $("li").eq(your index);
elementAtIndex.prepend("<li id=\"4\"></li>");
И наконец мы подошли к финальному короткому варианту:
$("li").eq(index).prepend("<li id=\"4\"></li>");