Я только что кратко посмотрел файл js для плагина.
Кажется, что во время инициализации плагина jquery.autocomplete.js, который устанавливает исходный исходный ввод как:
input.autocompleter = me;
Без тестирования, может быть, вы могли бы просто вызвать следующее, чтобы удалить связь между плагином и исходным вводом?
$('#<your input id>').autocompleter = null;