Рекурсивно удалить каталог .hg? Вы также можете просто переместить его; они переносимы, и установочные файлы внутри .hg не содержат абсолютных путей, которые могли бы сломаться, если бы они были размещены в другом месте системы.
Из комментариев: rm -r .hg