При создании веб-сайта в Visual Studio 2010 (я думаю, что в 2008 году было то же самое поведение): Файл> Новый веб-сайт, VS создает файлы решения в каталоге Projects и веб-сайт в каталоге Websites. Какова цель? Почему бы просто не создать файлы решения в каталоге веб-сайтов?