в файле web.config
в сборках поместите нужные версии - или удалите Microsoft.Build.Framework
<compilation ... >
<assemblies>
...
</assemblies>
Вот мои сборки для проекта 3.5.
<assemblies>
<add assembly="System.Management, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B03F5F7F11D50A3A"/>
<add assembly="System.Configuration.Install, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B03F5F7F11D50A3A"/>
<add assembly="System.Design, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B03F5F7F11D50A3A"/>
<add assembly="System.Windows.Forms, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Data.OracleClient, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Transactions, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Messaging, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B03F5F7F11D50A3A"/>
<add assembly="System.Core, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Xml.Linq, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Data.DataSetExtensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Data.Linq, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Web.Extensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add assembly="System.Web.Extensions.Design, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/></assemblies>
Вы также можете создать новый пустой проект и посмотреть, что он делает на вашем web.config, и, сравнив новый со старым, исправить старый, просто сохранив свои значения.