Во-первых, какое исключение вы получаете (это, вероятно, имеет значение).
Что касается конкретной проблемы, мое предположение будет следующим:
$node
не является дочерним элементом документа. Это ребенок своего родителя. Так что вам нужно сделать:
$node->parentNode->removeChild($node);