Если вам нужен FTP из базы данных, я бы использовал сборку .NET, как предложил Кевин. Это обеспечит максимальный контроль над процессом, плюс вы сможете записывать значимые сообщения об ошибках в таблицу для отчетов.
Другой вариант - написать приложение для командной строки, которое считывает базу данных для запуска команд. Затем вы можете определить запланированное задание, которое будет вызывать это приложение командной строки каждую минуту или любой другой период опроса. Это было бы более безопасно, чем включение поддержки CLR на сервере базы данных.