В EJB3 вы получаете аннотации в коде Java, больше нет необходимости в других файлах.
Поэтому вам просто нужно обратить метод Java-кода в диаграмму последовательности.
Я использую Omondo для своего проекта, и мои аннотации отображаются в виде стереотипов EJB3.
Надеюсь, это поможет.
Я не знаю о другом инструменте, поддерживающем обратную диаграмму последовательности, но если вы хорошо выглядите, вы можете найти другую альтернативу дорогим решениям Omondo.