Я все время использую NERD_tree с MacVim, и у меня нет проблем с добавлением новых файлов. Проверьте, какую версию NERD_tree вы используете. Если вы посмотрите в файл:
~/.vim/plugins/NERD_tree.vim
Вы должны увидеть эту строку в верхней части, если вы используете последнюю версию:
let s:NERD_tree_version = '4.1.0'
Также убедитесь, что присутствует fs_menu.vim (этот плагин необходим для команд файловой системы)
~/.vim/nerdtree_plugin/fs_menu.vim