Какой компилятор вы используете для создания MSI? После прошлых выходных я могу стать экспертом по вопросам MSI vs. Vista:)
При использовании VC2003 или VC2005 возникают разные проблемы в зависимости от версии компилятора.
Если 2005 год, обязательно установите пакет обновления и пакет обновления Vista. Это может решить вашу проблему.
Если это не удается, вы можете поместить их в GAC с помощью специального действия, но имейте в виду, что в 2005 году была ошибка, в которой бит no_impersonate был установлен неправильно. Вы должны будете установить этот бит самостоятельно, используя скрипт или orca.exe.