Вы можете удалить весь индекс, используя команду delete и запрос, подобный этому:
java -Ddata=args -Dcommit=yes -jar post.jar "<delete><query>*:*</query></delete>"
Использование аргумента -Dcommit
принудительно для обновления индекса, поэтому будьте осторожны, не удаляя все документы, когда вы этого не хотите.