Почему бы просто не использовать событие сборки, которое перемещает или копирует исполняемый файл в корень?Если вы лично против событий сборки (возможно, MSBuild не учитывает их в вашей системе сборки?), То используйте саму систему сборки (например, msbuild), чтобы создать цель, которая копирует / перемещает исполняемый файл.