Насколько я знаю, Visual C ++ не имеет опций для соответствия определенным стандартам. Скорее, это своего рода нечеткая скользящая шкала, в каждой версии добавлена поддержка текущих и будущих стандартов.
В прошлом году Microsoft написала"В настоящее время нет планов по реализации поддержки C99 в VS2010."
Тем не менее, тег C ++, который вы поместили в свой вопрос, возможно, не совсем не имеет значения: C ++ предоставляет большую часть функциональности, которую вы имеете в C99, а также многое другое. Не основанные на стеке массивы переменной длины, все же. Но это не то, что вы пропустите.