Не похоже на это.Это огромный недосмотр со стороны людей из Eclipse :) Что вы можете сделать, это создать проект в мастере создания нового проекта, а затем указать то же имя, что и для папки (хотя не думаю, что это имеет значение).После этого вы можете создавать файлы в этом каталоге с помощью проекта.
Еще одна вещь, которую вы можете сделать, - создать пустой проект рабочей области, а затем создать ссылку на файлы вне рабочей области (Мастер создания файлов> Дополнительно ..> Ссылкафайл в файловой системе).
Редактировать: как говорит Холлск, можно перетащить файл внутрь. В более новых версиях Eclipse вам будет предложено сделать ссылку или копию файла AFAIK.Вы можете объединить это с пустым проектом, как уже упоминалось.