Невозможно указать механизм хранения для определенной базы данных, только для отдельных таблиц, как указали другие. Однако вы можете указать механизм хранения, который будет использоваться во время одного сеанса, с помощью
SET storage_engine=InnoDB;
, поэтому вам не нужно указывать его для каждой таблицы.