В моем случае я переместил всю папку, потом понял, что не должен был.
Мне очень понравился ответ @Dave Konopka, но у меня не было большого успеха при таком подходе (может быть, моя версия GIT (1.8.4)? Мои файлы все еще показывались как удаленные. У меня были другие изменения в стекечто я не хотел потерять (к сожалению).
Мне это удалось:
git reset moved_folder
git checkout original_folder