Я заставил его работать как приложение на основе модуля, просто добавив следующие строки в моем application.ini
; FrontController Resource Settings
resources.frontController.defaultController = "index"
resources.frontController.defaultAction = "index"
resources.frontController.defaultModule = "default"
resources.frontController.prefixDefaultModule = true
resources.frontController.moduleDirectory = APPLICATION_PATH "/modules"
resources.frontController.params.displayExceptions = 1
где у меня есть модуль «по умолчанию» в качестве моего модуля по умолчанию и контроллер / действие индекса в качестве моего контроллера / действия по умолчанию соответственно.