CGI - это просто программа, которая читает запрос в STDIN и выдает заголовок + HTML в STDOUT. В этом нет ничего особенного: нет никаких модулей, которые вы не могли бы использовать, если постарались.
Вы могли бы даже получить графические (например, GTK), работающие с достаточной болью. Не то чтобы ты хотел. Если вы не являетесь сторонним поставщиком, у меня было неудовольствие заставить это работать.
Но помните, что несколько копий вашей программы могут работать одновременно (по одной на одновременный веб-запрос), поэтому если вы используете плоские файлы, вам придется иметь дело с блокировкой.