Я не знаю, как вернуть свободное место из каталога.
5 МБ - не очень много места, поэтому проще всего просто проигнорировать его. Если эта проблема (файлы складываются в каталоге) возникает регулярно, то это пространство будет использоваться повторно каждый раз, когда каталог снова заполняется.
Если вам отчаянно нужна возможность сжать каталог, вот вам (уродливый) взлом, который может сработать.
Заменить каталог символической ссылкой на пустой каталог. Если эта проблема повторяется, вы можете создать новый пустой каталог, а затем изменить символическую ссылку, чтобы указать на новый каталог. Изменение символической ссылки должно быть атомарным, поэтому вы не потеряете все входящие файлы. Тогда вы можете безопасно очистить и удалить старый каталог.
[Отредактировано, чтобы добавить: Оказывается, это не работает. Как указывает Бада в комментариях, вы не можете атомарно изменить символическую ссылку так, как я предлагал. Это оставляет меня с моей первоначальной точки зрения. Файловые системы, с которыми я знаком, не предоставляют механизма для восстановления свободного пространства внутри блоков каталогов.]