Вы должны использовать макрос типа CFLAGS . Ознакомьтесь с документацией GNU GCC .
Примерно так должно работать:
CFLAGS := $(CFLAGS) -O2 -march=i686
Или, если вы предпочитаете не изменять make-файл, используйте:
make CFLAGS='-O2 -march=i686'
Другие опции будут автоматически выбраны. См. Переопределение переменных .